La historia se centra en la vida de Naruto, que se encuentra en la Villa Oculta de la Hoja (Konoha), una aldea habitaba por ninjas, al igual que muchas otras aldeas. Naruto tiene un objetivo en su vida, y ese es que le nombren maestro Hokage (ninja más poderoso de la Villa), y convertirse en el mejor ninja de todos los tiempos, para que así todo el mundo reconozca su fuerza y destreza.

Al llegar el dia en que debe graduarse en la Academia Ninja, y poder ser un ninja con todas las de la ley, descubre que dentro de el, habita aquel zorro de nueve colas que tanto aterrorizó a la gente de la villa 12 años atrás….

En la Escuela de Ninjas, dividen a los estudiantes en grupos de 3 personas, y el grupo de Naruto, està compuesto por Uchiha Sasuke (su eterno rival), Haruno Sakura (su eterno amor imposible) y el maestro Hatake Kakashi. Los cuatro iran entrenando duramente no solo por la zona donde se encuentra la Villa de la Hoka (Konoha) sino que tendran que hacer misiones muy interesantes fuera de la Aldea.